有机肥发酵的核心在于微生物的活动，将有机物质转化为腐熟的肥料。有机肥发酵设备的工作原理主要是通过提供适宜的环境，激活微生物的繁殖和分解作用。具体来说，发酵过程包括原料准备、装料、温度控制、湿度调节、通气以及发酵结束后的处理几个环节。

原料准备是发酵的基础，通常包括农作物残余、畜禽粪便、草料等有机物。为了提高发酵效率，常常需要将原料进行粉碎或混合，确保有机物的均匀性。装料时，将准备好的原料投入设备中，注意不要过满，以保证空气流通。温度控制是发酵过程中至关重要的一环，微生物在30°C到60°C之间的温度下繁殖快，但过高或过低都会影响效果。湿度保持在40%至60%之间，有助于微生物的活动。通气系统则通过鼓风或自然通风，保证氧气供应，促进好氧微生物的繁殖。

在发酵过程中，要定期监测温度和湿度，根据实际情况调整设备的运行参数。有些设备配备自动控制系统，可以自动调节温度、湿度和通气量，提高生产的稳定性和效率。经过一段时间的发酵，一般在两到三周后，原料会变得腐熟、气味变淡，达到了制肥的条件。将发酵完成的有机肥进行筛分、包装或堆放储存，准备投入到农业生产中。