目前利用畜禽粪堆腐生产有机肥多采用好氧堆肥-条垛式发酵技术,包括原料预处理、发酵、熟化等工序。即在自然通风条件下,为物料添加复合微生物发酵菌剂,平面条垛式地面堆置发酵。根据物料堆内部温度,有机肥翻堆机控制适时翻堆,后熟阶段曝气发酵与干燥、筛分,生产出粉状生物有机肥;或根据市场需求有机肥生产设备造粒生产颗粒状有机肥(球形颗粒或圆柱状颗粒)。
广义上的有机肥：
俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。
主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。
部分“广义上的有机肥”品种：
堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。
沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.
厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.
沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、Ca、s等。
在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。纯天然矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。此类产品要通过有机认证，并严格按照有机标准生产才可用于有机农业。
饼肥：菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。
泥肥：未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。
狭义上的有机肥：
专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等），采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合**相关标准（NY525-2012）及法规的一类肥料。
有机肥具体可以分为以下几类：
农业废弃物，比如秸秆、豆粕、棉粕等；畜禽粪便，比如鸡粪、牛羊马粪、兔粪；工业废弃物，比如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣等；生活垃圾，比如餐厨垃圾等。
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